マイナンバーカードによる証明書のコンビニ交付時、コンビニの店員が個人情報を扱うことはないのですか。 – 仙台市FAQ　よくある質問と回答

キオスク端末(マルチコピー機)の操作は利用者本人が申請から交付まで行うことになっているため、店員等の本人以外が扱うことはありません。
また、コンビニの店員は、個人情報の保護の観点から、証明書の内容や操作の補助などは行えないことになっています。