事業所機能のない他都市の自宅を登記上の本店とし、実際の事務所を市内に設けた場合、どちらに届出や申告が必要ですか。 – 仙台市FAQ　よくある質問と回答

法人市民税は応益性に基づき課税されるため、実際に事務所のある仙台市に「法人等設立(設置)届出書」を提出し、申告と納付を行う必要があります。
また、登記上の本店がある他都市にも、本店は登記上のものであり事務所は仙台市内にある旨の届出が必要です。
なお、仙台市内のＡ区に登記上の本店があり、Ｂ区に実際の事務所がある場合、均等割はＢ区の分を申告することになります。