ふるさと納税ワンストップ特例の申請をした後に確定申告が必要になった場合はどうすればよいですか。 – 仙台市FAQ　よくある質問と回答

寄附金の控除を含めて、確定申告をする必要があります。
また、その場合、寄附先の地方団体(都道府県・市区町村)に対して連絡をする必要はありません。
申告が必要となった場合はワンストップ特例が適用されなくなるため、申告時に寄附金の控除を申告しないと控除を受けることができませんのでご注意ください。