確定申告後に、ふるさと納税ワンストップ特例の非該当通知が来ました。なぜですか。 – 仙台市FAQ　よくある質問と回答

ふるさと納税ワンストップ特例は確定申告が不要な給与所得者等が、ふるさと納税のためだけに確定申告をしなくても税金の控除を受けられる制度のことです。寄附先にワンストップ特例申請書を提出し要件を満たしている場合に適用となります。
確定申告をすると、ワンストップ特例が非該当となり、非該当通知が送付されます。
確定申告でふるさと納税の寄附金控除を申告していない場合は、所管の税務署にご相談ください。
ただし、今回提出された確定申告で、ふるさと納税を寄附金控除としてすべて申告されているのであれば、市からふるさと納税ワンストップ特例の非該当通知が届いている場合でも、個人市県民税についても寄附金控除の適用を受けることとなります。
確定申告を修正する必要はありませんので、申告内容を確認してください。